Inteligentny projekt to idea, zgodnie z którą pewne rzeczy są tak złożone — a struktura niektórych obiektów tak starannie ukształtowana do pełnienia pozornie użytecznej funkcji — że musiały zostać zaprojektowane przez inteligentnego projektanta, przez jakiegoś stwórcę.

Jeżeli każdą krytykę można odeprzeć przez odwołanie do niepełnego zrozumienia, to sam inteligentny projekt nie jest testowalny, a debaty nad nim są bezprzedmiotowe. Co więcej, jeśli nie można poznać celu projektu, skąd wiadomo, że dana struktura jest dobrze zaprojektowana?

Kreacjoniści nie przedstawili cech, których stany lub wzorce różniłyby się między mechanizmami ewolucyjnymi a mechanizmami inteligentnego projektu. Nie możemy zatem najwyraźniej testować tych mechanizmów przeciwko sobie. [...] Na poziomie opisu, na którym kreacjoniści przedstawili inteligentny projekt, nie jest on testowalny.

Behe słusznie odrzuca model wielkiego skoku, lecz nie wynika z tego zwycięstwo inteligentnego projektu. Jest to kolejny przykład fałszywej dychotomii. Model biologiczny nie został przetestowany.

Jest rzeczą haniebną i niebezpieczną, gdy niewierzący słyszy chrześcijanina, który rzekomo objaśnia sens Pisma Świętego, a mówi w tych sprawach niedorzeczności. Powinniśmy uczynić wszystko, aby zapobiec tak kompromitującej sytuacji [...].

Każdy projekt miał projektanta. Wszechświat posiada wysoce złożony projekt. A zatem Wszechświat miał Projektanta.

Zasada antropiczna jest po prostu uczonym określeniem narastających świadectw, które skłaniają wielu naukowców do przekonania, że Wszechświat jest niezwykle precyzyjnie dostrojony (zaprojektowany), aby podtrzymywać ludzkie życie na Ziemi.

Zauważmy, że wniosek ten jest zgodny z religiami teistycznymi, lecz nie jest na nich oparty — opiera się na dobrym rozumowaniu i świadectwach.

Pochodzenie życia jest zagadnieniem sądowym, wymagającym składania świadectw podobnie jak detektywi składają świadectwa dotyczące zabójstwa. [...] Centralną zasadą nauki sądowej jest zasada uniformitaryzmu, zgodnie z którą przyczyny w przeszłości były podobne do przyczyn obserwowanych dzisiaj.

Nauka jest poszukiwaniem przyczyn. Logicznie istnieją tylko dwa rodzaje przyczyn: inteligentne i nieinteligentne (czyli naturalne). [...] Darwiniści tacy jak Dawkins i Crick wykluczają przyczyny inteligentne, zanim jeszcze przyjrzą się świadectwom.

Naukowa metoda poszukiwania przyczyn przez obserwację i powtarzanie jest tylko jednym ze sposobów dochodzenia do prawdy. Nie jest jedynym sposobem poznawania prawdy. [...] Prowadzi to do być może najważniejszej lekcji: nauka opiera się na filozofii.

Wniosek inteligentnego projektu jest falsyfikowalny. Innymi słowy, ID można by obalić, gdyby pewnego dnia odkryto prawa naturalne zdolne wytwarzać wyspecyfikowaną złożoność.

System nieredukowalnie złożony jest „złożony z kilku dobrze dopasowanych, współdziałających części, które wnoszą wkład w funkcję podstawową, przy czym usunięcie którejkolwiek z nich powoduje, że system faktycznie przestaje funkcjonować”. Fiszki źródłowe do rozprawy doktorskiej

Projekt suboptymalny nie oznacza braku projektu. [...] W świecie ograniczonym rzeczywistością fizyczną każdy projekt wymaga kompromisów. [...] Aby stwierdzić, że coś jest suboptymalne, trzeba znać cele lub zamiar projektanta.

„Intuicje te należą do zespołu nawyków i idei, które przez stulecia kierowały teorię na błędne tory. Odczucia, że pewien sposób patrzenia na rzeczy daje zrozumienie, nie zawsze należy przyjmować bezkrytycznie.” Znaczenie: To psychologiczna hipoteza wyjaśniająca, dlaczego ludzie spontanicznie widzą istoty, cele i agentów w biologii. Dla teorii projektu jest to ważny „defeater”: trzeba wykazać, że wnioskowanie nie jest tylko projekcją naszych nawyków poznawczych.

„Przypadki paradygmatyczne mają wielkie znaczenie naukowe. Są to ewoluujące populacje, w których może pojawić się istotna nowość i które dają początek strukturom złożonym oraz przystosowanym. [...] Kontekst darwinowski jest jednak kontekstem przejść i form pośrednich.” Znaczenie: Autor nie traktuje wszystkich procesów nazwanych „darwinowskimi” jako równie silnych. Rozróżnia przypadki zdolne do tworzenia złożonych adaptacji od przypadków marginalnych i częściowych.

„Reprodukcja znajduje się w centrum darwinizmu. [...] Pojęcie reprodukcji jest jednak otoczone niepewnościami i przypadkami problematycznymi.” Znaczenie: Warunki działania doboru zależą od rozpoznania rodziców, potomstwa i jednostek reprodukujących się. W przypadku kolonii, organizmów modułowych, symbioz lub początków życia granice te mogą być stopniowalne.

„Świat biologiczny jest zorganizowany hierarchicznie. [...] Na każdym poziomie, na którym zachodzi reprodukcja, istnieje możliwość procesu darwinowskiego. [...] Świat zawiera jednostki reprodukujące się w wielu różnych skalach, które przynajmniej potencjalnie mogą tworzyć populacje darwinowskie.” Znaczenie: Hierarchia genów, komórek, organizmów i grup nie musi być analizowana wyłącznie jako jeden odgórny układ. Na różnych poziomach mogą zachodzić odrębne, zagnieżdżone procesy selekcyjne.

„Ewolucyjna biologia rozwoju (evo-devo) jest tą częścią biologii, która bada, w jaki sposób zmiany rozwoju embrionalnego w obrębie pojedynczych pokoleń wiążą się ze zmianami ewolucyjnymi zachodzącymi między pokoleniami.” Znaczenie: Definicja porządkuje relację między ontogenezą a ewolucją. Pokazuje, że fenotypowa nowość nie jest wyjaśniana samą zmianą częstości genów, lecz przez analizę rozwoju organizmu.

„Rola modyfikacji procesów rozwojowych w powstawaniu nowych cech; [...] sposób, w jaki adaptacyjna plastyczność rozwoju ułatwia powstanie i utrzymanie złożonych cykli życiowych [...]; oraz sposób, w jaki rozwijające się organizmy oddziałują ze środowiskiem ekologicznym, ułatwiając zmianę ewolucyjną.” Znaczenie: Hall ujmuje nowość nie jako efekt jednej klasy przyczyn, lecz jako rezultat modyfikacji rozwoju, plastyczności i sprzężeń organizm-środowisko.