Początkowo może się wydawać, że model jest niewystarczający do symulowania złożonych procesów transkrypcji, translacji, fałdowania białek i rozpoznawania sekwencji DNA zachodzących w komórkach. Jednak powodzenie symulacji ma pokazywać, że postać aparatu genetycznego nie wpływa na obliczane miary informacji. Dla teoretyków informacji i fizyków ta emergentna własność mezoskopowa nie jest zaskoczeniem, ponieważ teoria informacji ma bardzo ogólny charakter i nie zależy od mechanizmu fizycznego.

Na początku programu wszystkie genomy zawierają sekwencje losowe, a zawartość informacji w miejscach wiązania jest bliska zeru. Cykliczny proces mutacji i selekcji prowadzi do organizmu, który już po 704 pokoleniach nie popełnia błędów. […] Po usunięciu presji selekcyjnej zaobserwowany wzorzec ulega zanikowi, a zawartość informacji spada z powrotem do zera.

Jeżeli formułuje się twierdzenia o faktach i przypisuje im wsparcie naukowe, można je testować metodami nauki; jedne stanowiska będą lepiej uzasadnione, inne zostaną odrzucone po porównaniu danych i metod. Gdy jednak przywołuje się cud, dyskusja opuszcza obszar nauki i przechodzi do religii.

Jeżeli inteligencję istot materialnych zaliczy się do strony naturalnej, dychotomia inteligentny projekt „naturalne – inteligentne” wymaga przebudowy. To, co zwolennicy inteligentny projekt chcą nazwać „inteligentnym”, redukuje się do jednego sprawcy: Boga. Dychotomia „naturalne – inteligentne” jest w istocie dychotomią „naturalne – transcendentne”.

W literaturze inteligentny projekt słowo „darwinizm” może oznaczać idee samego Darwina, dobór naturalny, neodarwinizm, późniejsze teorie ewolucyjne, samą ewolucję albo materialistyczną ideologię inspirowaną „bezbożną ewolucją”.

Nauka i religia są jak dwa odmienne okna, przez które spogląda się na świat. Obie patrzą na ten sam świat, lecz ukazują różne jego aspekty. […] Wyjaśnienia naukowe opierają się na świadectwach uzyskanych z badania świata przyrody i odwołują się wyłącznie do procesów naturalnych w celu wyjaśniania zjawisk naturalnych.

Darwin przedstawił naukowe wyjaśnienie projektu organizmów, czego dokonał dzięki odkryciu doboru naturalnego. Różnorodność i złożoność organizmów, a także ich zadziwiające przystosowania […] można było odtąd wyjaśniać jako rezultat procesów naturalnych.

Moim zdaniem przypisywanie właściwości i cech organizmów szczegółowemu projektowi Boga nie daje się pogodzić z wiarą w dobrego, wszechwiedzącego i wszechmocnego Boga judaizmu, chrześcijaństwa i islamu. […] Jeżeli twierdzimy, że organizmy i ich części zostały szczegółowo zaprojektowane przez Boga, musimy wyjaśnić okrucieństwo drapieżników i pasożytów oraz nieudolny projekt ludzkiej szczęki […].

Kreacjonizm, inteligentny projekt i nieredukowalna złożoność nie są naukowe, nawet gdyby wykazano, że ich wnioski […] są całkowicie poprawne.

Błąd wyłączonego środka polega na założeniu, że istnieją tylko dwa alternatywne wyjaśnienia, czarne albo białe. Na przykład: jeśli darwinizm jest fałszywy, to prawdziwa musi być Księga Rodzaju. Nie pozostawia się miejsca na stanowisko pośrednie.

Nauka jest bardzo ograniczona. Poszukuje wyłącznie materialistycznych wyjaśnień zjawisk materialnych. Nadprzyrodzona interwencja nie jest w nauce dopuszczalnym wyjaśnieniem. Nie znaczy to, że Bóg tego nie uczynił […]. […] Brak naukowych świadectw istnienia Boga nie jest dowodem, że Bóg nie istnieje.

Inteligentny projekt to idea, zgodnie z którą pewne rzeczy są tak złożone — a struktura niektórych obiektów tak starannie ukształtowana do pełnienia pozornie użytecznej funkcji — że musiały zostać zaprojektowane przez inteligentnego projektanta, przez jakiegoś stwórcę.

Jeżeli każdą krytykę można odeprzeć przez odwołanie do niepełnego zrozumienia, to sam inteligentny projekt nie jest testowalny, a debaty nad nim są bezprzedmiotowe. Co więcej, jeśli nie można poznać celu projektu, skąd wiadomo, że dana struktura jest dobrze zaprojektowana?

Kreacjoniści nie przedstawili cech, których stany lub wzorce różniłyby się między mechanizmami ewolucyjnymi a mechanizmami inteligentnego projektu. Nie możemy zatem najwyraźniej testować tych mechanizmów przeciwko sobie. […] Na poziomie opisu, na którym kreacjoniści przedstawili inteligentny projekt, nie jest on testowalny.

Behe słusznie odrzuca model wielkiego skoku, lecz nie wynika z tego zwycięstwo inteligentnego projektu. Jest to kolejny przykład fałszywej dychotomii. Model biologiczny nie został przetestowany.

Jest rzeczą haniebną i niebezpieczną, gdy niewierzący słyszy chrześcijanina, który rzekomo objaśnia sens Pisma Świętego, a mówi w tych sprawach niedorzeczności. Powinniśmy uczynić wszystko, aby zapobiec tak kompromitującej sytuacji […].

Każdy projekt miał projektanta. Wszechświat posiada wysoce złożony projekt. A zatem Wszechświat miał Projektanta.

Zasada antropiczna jest po prostu uczonym określeniem narastających świadectw, które skłaniają wielu naukowców do przekonania, że Wszechświat jest niezwykle precyzyjnie dostrojony (zaprojektowany), aby podtrzymywać ludzkie życie na Ziemi.

Zauważmy, że wniosek ten jest zgodny z religiami teistycznymi, lecz nie jest na nich oparty — opiera się na dobrym rozumowaniu i świadectwach.

Pochodzenie życia jest zagadnieniem sądowym, wymagającym składania świadectw podobnie jak detektywi składają świadectwa dotyczące zabójstwa. […] Centralną zasadą nauki sądowej jest zasada uniformitaryzmu, zgodnie z którą przyczyny w przeszłości były podobne do przyczyn obserwowanych dzisiaj.