Uniwersalne wspólne pochodzenie: wszystkie organizmy żyjące obecnie na Ziemi pochodzą od jednego wspólnego przodka. Teza ta nie oznacza, że życie wyłoniło się z materii nieożywionej tylko raz. Uniwersalne wspólne pochodzenie jest zgodne z wieloma początkami życia.

W rzeczywistości obserwowane cechy skamieniałości same przez się nie pociągają wniosku, że ewolucja zaszła. Jednak uniwersalne wspólne pochodzenie wraz z faktem, że współczesne organizmy różnią się cechami dziedzicznymi, wystarcza, by ewolucja zaszła. Skamieniałości są dodatkiem do zasadniczego argumentu.

Nie istnieje jeden jedyny fenotyp, który „ma tendencję” do ewoluowania pod działaniem doboru naturalnego. [...] Dobór naturalny jest oportunistyczny. To, które cechy są bardziej dostosowane, niemal zawsze zależy od przygodnych właściwości środowiska. Oportunizm ewolucji kontrastuje z ideą ewolucji zaprogramowanej.

Selekcja sztuczna obejmuje świadomy wybór; dobór naturalny natomiast może być bezmyślny. [...] Pogoda nie jest świadomym sprawcą.

Mutacje są losowe: mają swoje przyczyny, lecz nie zachodzą dlatego, że byłyby użyteczne dla organizmów, w których występują.

Obserwacja O faworyzuje hipotezę H1 względem H2 wtedy i tylko wtedy, gdy Pr(O | H1) > Pr(O | H2). [...] Stopień, w jakim O faworyzuje H1 względem H2, wyraża iloraz wiarygodności Pr(O | H1) / Pr(O | H2).

Obserwacje nie gwarantują, że H1 jest prawdziwa, a H2 fałszywa. Nie gwarantują nawet, że H1 jest bardziej prawdopodobna niż H2.

Obserwacje nie gwarantują, że H1 jest prawdziwa, a H2 fałszywa. Nie gwarantują nawet, że H1 jest bardziej prawdopodobna niż H2.

Gdy dwa obiekty mają cechę T, zgodność ta faworyzuje hipotezę wspólnej przyczyny względem hipotezy jej braku. [...] Istnieją jednak przykłady, w których zgodność dwóch obiektów nie stanowi świadectwa istnienia wspólnej przyczyny.

Chociaż historycznie łączono rozróżnienie losowe/nielosowe z rozróżnieniem bezmyślne/świadome, należy je rozplątać. [...] Możemy i powinniśmy badać istnienie nielosowych mutacji, nie zakładając, że muszą być kierowane przez inteligentnego projektanta.

Testowanie hipotez jest działaniem kontrastywnym. Zamiast testować teorię T samą w sobie, należy testować ją przeciw jednej lub większej liczbie konkurentek. [...] Żaden model nie jest niewinny, dopóki nie udowodni mu się winy.

To, co dobór naturalny może osiągnąć, jest zawsze ograniczone przez dostępną zmienność.

Linia prowadząca do współczesnych ssaków miała szwy czaszkowe na długo przed ewolucją żyworodności. Oznacza to, że fałszywe jest twierdzenie, iż szwy czaszkowe są adaptacjami do porodu.

Nawet jeśli organizmy składają się z materii i niczego więcej, nie wynika z tego, że prawa biologii redukują się do praw fizyki. W rezultacie biologia ma pewien rodzaj autonomii.

Zgodnie z prawem wiarygodności obecny stan systemu może silnie faworyzować jedną hipotezę o niedawnej przeszłości względem drugiej, lecz siła tego faworyzowania słabnie, gdy przeszłość staje się coraz bardziej odległa.

(własny) „Istnieje ogólny powód, dla którego nie da się skonstruować probabilistycznej wersji modus tollens. Teorie, które formułują dobre probabilistyczne przewidywania dotyczące wielu zdarzeń, zazwyczaj przypisują bardzo małe prawdopodobieństwo ich łącznemu wystąpieniu. [...] Sam fakt, że teoria przypisuje danemu wynikowi bardzo małe prawdopodobieństwo, z trudem może wystarczyć do odrzucenia tej teorii.”

(własny) „Aby powiedzieć, czy obserwacja jest świadectwem za daną hipotezą lub przeciw niej, musimy wiedzieć, jakie inne hipotezy należy rozważyć. [...] Właściwym pojęciem jest: «E przemawia za H1 w porównaniu z H2», a nie: «E jest świadectwem za (lub przeciw) H». [...] Świadectwo E faworyzuje hipotezę H1 względem H2 wtedy i tylko wtedy, gdy Pr(E | H1) > Pr(E | H2).”

(własny) „Termin «kreacjonizm» sugeruje ideę stworzenia specjalnego - zaprzeczenie tezie, że całe życie na Ziemi jest genealogicznie spokrewnione. Teoretycy ID nie opowiadają się za stworzeniem specjalnym, zgodnie z którym każdy gatunek (lub «podstawowy typ organizmu») został oddzielnie stworzony przez inteligentnego projektanta. Ich spór z teorią ewolucji dotyczy raczej zdolności doboru naturalnego do wytwarzania złożonych adaptacji.”

(własny) „Behe przechodzi niejawnie między procesem stopniowego doboru naturalnego, rozpatrywanym samodzielnie, a szerzej rozumianymi «procesami ewolucyjnymi». [...] Teoria ewolucji uwzględnia wiele procesów innych niż czysty gradualizm darwinowski. [...] Behe ma rację, że sam czysty gradualizm nie doprowadzi do powstania skrzydła przy opisanym rozkładzie dostosowania. Nie wynika z tego jednak, że «teoria ewolucji» nie może wyjaśnić powstania takich cech.”

(własny) „Co jednak, jeśli z teorii wynika jedynie, że cechy nieredukowalnie złożone są bardzo mało prawdopodobne? Czy ich istnienie pokazywałoby, że teoria jest mało prawdopodobna? Czy wynikałoby z tego, że obserwacje te obalają teorię? Czy wynikałoby, że cechy te stanowią świadectwo na rzecz inteligentnego projektu? Odpowiedź na wszystkie te pytania jest taka sama: nie. Nie istnieje probabilistyczny odpowiednik modus tollens.”