Przegląd akt sądowych wskazuje, że podczas procesu Scopesa nikt nie wspomniał o Hesperopithecus, choć inne ważne odkrycia kopalnych hominidów omawiano w zeznaniach ustnych i pisemnych. Późniejsze twierdzenia, że ząb Hesperopithecus był na procesie z dumą prezentowany, są po prostu nieprawdziwe.

Rzeczywistości ewolucji człowieka nie można podważyć przez odwołanie do jednego błędnie rozpoznanego zęba pekari. […] Dobrą naukę można uprawiać tylko wtedy, gdy usuwa się niestosowne wpływy zewnętrzne, takie jak polityka. […] Popełnianie błędów jest ludzkie, lecz ich poprawianie jest naukowe.

Ponieważ trudno dowieść braku funkcji biologicznej danego odcinka DNA, pseudogen definiuje się operacyjnie przez jego homologię do funkcjonalnego genu oraz obecność oznak niefunkcjonalności.

Ponieważ aktywności biochemiczne mogą nie przynosić korzyści dostosowawczej, dowód prawdziwej funkcji biologicznej wymaga wykazania, że dana aktywność lub pseudogen podlega selekcji naturalnej.

Peptydy te mogą wskazywać na funkcję pseudogenu na poziomie białka – możliwość rzadko dotąd rozważaną. Alternatywnie mogą być wynikiem przypadkowych translacji, bez funkcji białkowej. Autorzy rozróżniają te dwie hipotezy, porównując stosunek tempa substytucji niesynonimicznych do synonimicznych (ω) w pseudogenach translacjonowanych i pozostałych.

Analiza ewolucyjna pseudogenów jest bardziej żmudna i podatna na błędy niż analiza genów funkcjonalnych, ponieważ pseudogeny zwykle szybko zmieniają sekwencję i często giną w toku ewolucji wskutek utraty ograniczeń funkcjonalnych. Autorzy zaprojektowali więc protokół stosunkowo ostrożny w uznawaniu pseudogenów za funkcjonalne, lecz umożliwiający uczciwe porównania między grupami.

Mediana ω dla translacjonowanych pseudogenów wynosi 0,68 i jest istotnie niższa niż 0,91 dla pseudogenów jedynie transkrybowanych oraz 0,88 dla nietranskrybowanych. […] Mediana długości ORF w translacjonowanych pseudogenach wynosiła 458 nukleotydów i była istotnie większa niż 333 nukleotydy w pseudogenach transkrybowanych, co wspiera tezę, że zdolność kodowania jest selekcyjnie utrzymywana przynajmniej w części translacjonowanych pseudogenów.

Tylko pięć, czyli 14,7%, spośród 34 translacjonowanych pseudogenów miało wartości ω istotnie niższe od 1. […] Pozostałe 29 miało medianę ω równą 0,75, co sugeruje, że większość translacjonowanych pseudogenów prawdopodobnie nie podlega doborowi oczyszczającemu. Innymi słowy, sama translacja pseudogenu w większości przypadków nie wskazuje na funkcję utrwaloną przez selekcję.

Alternatywna ramka odczytu, rozpoczynająca się od kodonu ATG znajdującego się w tej samej fazie krótko po przedwczesnym kodonie stop, może kodować białko zawierające zidentyfikowany peptyd. […] Białko kodowane przez tę alternatywną ORF ma 81% długości białka rodzicielskiego i zawiera pełną domenę FUN14, co sugeruje podobną funkcję molekularną.

Ponieważ są transkrybowane, translacjonowane i podlegają doborowi oczyszczającemu, powinny zostać ponownie opisane jako geny. Przypadki te pokazują, że ani przerwanie ORF, ani domniemana utrata aktywności promotora po retropozycji nie dowodzą niefunkcjonalności genu. […] Autorzy konkludują, że choć niewielka część translacjonowanych pseudogenów ma funkcje utrwalone przez selekcję, sama translacja nie gwarantuje funkcjonalności.

Intencją świętego autora nie było nauczanie w sposób naukowy o wewnętrznej strukturze rzeczy i pełnym porządku stworzenia, lecz przekazanie ludowi wiedzy popularnej, dostosowanej do języka epoki i możliwości odbiorców; dlatego nie trzeba wszędzie szukać ścisłości języka naukowego. Słowo „yom” może oznaczać zarówno dzień naturalny, jak i pewien okres czasu, a dyskusja egzegetów w tej sprawie jest dozwolona.

Należy omówić kwestie, które należą do nauk pozytywnych, a zarazem są powiązane z prawdami wiary. Uwzględnianie ich jest godne pochwały w przypadku jasno dowiedzionych faktów; ostrożność jest natomiast konieczna, gdy chodzi o hipotezy mające pewne podstawy naukowe.

Urząd Nauczycielski Kościoła nie zabrania badań i dyskusji dotyczących ewolucji, o ile bada ona pochodzenie ciała ludzkiego z wcześniej istniejącej materii ożywionej – wiara katolicka nakazuje bowiem utrzymywać, że dusze są bezpośrednio stwarzane przez Boga. Racje stanowisk należy ważyć i oceniać z konieczną powagą, umiarem i miarą.

Jeżeli pytanie o początki („Skąd pochodzimy?”) jest nierozdzielne od pytania o kres („Dokąd zmierzamy?”), to pytanie o stworzenie zawsze dotyczy również celu rzeczy. Jest zatem pytaniem o plan, o „projekt” lub „zamysł”.

Bóg nie jest jedynie Stwórcą, który kiedyś wprawił wszystko w ruch, jak zegarmistrz sporządzający zegar działający odtąd samodzielnie; podtrzymuje on stworzenie i prowadzi je ku celowi. Według wiary chrześcijańskiej stworzenie nie jest po prostu zakończone, lecz znajduje się in statu viae – w drodze.

Ślepa wiara, wymagająca jedynie skoku w to, co całkowicie niepewne i nieznane, nie byłaby wiarą ludzką. […] Wiara bez poznania, bez możliwości dowiedzenia się czegokolwiek o Stwórcy i bez zdolności rozumu do uchwycenia czegokolwiek o Nim, nie byłaby wiarą chrześcijańską.

Dopiero przekonanie, że świat jest stworzony, że nie jest boski, że jest skończony i „kontyngentny”, a nie konieczny – że równie dobrze mógłby nie istnieć – umożliwiło badanie świata i wszystkiego, co w nim istnieje, ze względu na nie samo.

Za rzeczami w świecie stoi rozum Stwórcy, który wszystko przekracza. […] Rzeczy zostały niejako wyzwolone ku własnemu istnieniu. […] W tym sensie mają własną autonomię, własne prawa, niezależność i własny byt.

Stworzenie z niczego, absolutny i suwerenny akt stwórczy opisany w Biblii, jest czymś wyjątkowym. Ma to podstawowe znaczenie dla rozumienia stworzenia jako obdarzonego zamierzoną przez Boga niezależnością.