Gdy dwa obiekty mają cechę T, zgodność ta faworyzuje hipotezę wspólnej przyczyny względem hipotezy jej braku. [...] Istnieją jednak przykłady, w których zgodność dwóch obiektów nie stanowi świadectwa istnienia wspólnej przyczyny.

Chociaż historycznie łączono rozróżnienie losowe/nielosowe z rozróżnieniem bezmyślne/świadome, należy je rozplątać. [...] Możemy i powinniśmy badać istnienie nielosowych mutacji, nie zakładając, że muszą być kierowane przez inteligentnego projektanta.

Testowanie hipotez jest działaniem kontrastywnym. Zamiast testować teorię T samą w sobie, należy testować ją przeciw jednej lub większej liczbie konkurentek. [...] Żaden model nie jest niewinny, dopóki nie udowodni mu się winy.

To, co dobór naturalny może osiągnąć, jest zawsze ograniczone przez dostępną zmienność.

Linia prowadząca do współczesnych ssaków miała szwy czaszkowe na długo przed ewolucją żyworodności. Oznacza to, że fałszywe jest twierdzenie, iż szwy czaszkowe są adaptacjami do porodu.

Nawet jeśli organizmy składają się z materii i niczego więcej, nie wynika z tego, że prawa biologii redukują się do praw fizyki. W rezultacie biologia ma pewien rodzaj autonomii.

Zgodnie z prawem wiarygodności obecny stan systemu może silnie faworyzować jedną hipotezę o niedawnej przeszłości względem drugiej, lecz siła tego faworyzowania słabnie, gdy przeszłość staje się coraz bardziej odległa.

(własny) „Istnieje ogólny powód, dla którego nie da się skonstruować probabilistycznej wersji modus tollens. Teorie, które formułują dobre probabilistyczne przewidywania dotyczące wielu zdarzeń, zazwyczaj przypisują bardzo małe prawdopodobieństwo ich łącznemu wystąpieniu. [...] Sam fakt, że teoria przypisuje danemu wynikowi bardzo małe prawdopodobieństwo, z trudem może wystarczyć do odrzucenia tej teorii.”

(własny) „Aby powiedzieć, czy obserwacja jest świadectwem za daną hipotezą lub przeciw niej, musimy wiedzieć, jakie inne hipotezy należy rozważyć. [...] Właściwym pojęciem jest: «E przemawia za H1 w porównaniu z H2», a nie: «E jest świadectwem za (lub przeciw) H». [...] Świadectwo E faworyzuje hipotezę H1 względem H2 wtedy i tylko wtedy, gdy Pr(E | H1) > Pr(E | H2).”

(własny) „Termin «kreacjonizm» sugeruje ideę stworzenia specjalnego - zaprzeczenie tezie, że całe życie na Ziemi jest genealogicznie spokrewnione. Teoretycy ID nie opowiadają się za stworzeniem specjalnym, zgodnie z którym każdy gatunek (lub «podstawowy typ organizmu») został oddzielnie stworzony przez inteligentnego projektanta. Ich spór z teorią ewolucji dotyczy raczej zdolności doboru naturalnego do wytwarzania złożonych adaptacji.”

(własny) „Behe przechodzi niejawnie między procesem stopniowego doboru naturalnego, rozpatrywanym samodzielnie, a szerzej rozumianymi «procesami ewolucyjnymi». [...] Teoria ewolucji uwzględnia wiele procesów innych niż czysty gradualizm darwinowski. [...] Behe ma rację, że sam czysty gradualizm nie doprowadzi do powstania skrzydła przy opisanym rozkładzie dostosowania. Nie wynika z tego jednak, że «teoria ewolucji» nie może wyjaśnić powstania takich cech.”

(własny) „Co jednak, jeśli z teorii wynika jedynie, że cechy nieredukowalnie złożone są bardzo mało prawdopodobne? Czy ich istnienie pokazywałoby, że teoria jest mało prawdopodobna? Czy wynikałoby z tego, że obserwacje te obalają teorię? Czy wynikałoby, że cechy te stanowią świadectwo na rzecz inteligentnego projektu? Odpowiedź na wszystkie te pytania jest taka sama: nie. Nie istnieje probabilistyczny odpowiednik modus tollens.”

(własny) „Aby jednak te szczegóły przemawiały za inteligentnym projektem przeciw bezmyślnej ewolucji, musimy wiedzieć, jak prawdopodobne są one przy każdej z hipotez. [...] Behe twierdzi, że są one bardzo mało prawdopodobne według teorii ewolucji, ale jak prawdopodobne są według hipotezy inteligentnego projektu? W tym miejscu napotykamy wielkie milczenie. [...] Odpowiedź jest prosta: nie wiemy.”

(własny) „Pojedyncze zdanie wyrażające hipotezę ID nie czyni jeszcze teorii. Problemu nie rozwiązuje samo wymyślenie założeń dotyczących celów i zdolności domniemanego projektanta; potrzebna jest informacja o projektancie lub projektantach poświadczona niezależnie. Bez niej teoria nie formułuje przewidywań dotyczących oka ani innych przykładów «nieredukowalnej złożoności» omawianych przez Behego.”

(własny) „W przypadku pułapek na myszy, Mount Rushmore i plakatów Elvisa jesteśmy pewni inteligentnego projektu, ponieważ dysponujemy mocnymi świadectwami dotyczącymi ludzkiego projektowania. Wiemy, że są to właśnie takie rzeczy, jakie ludzie zwykle wytwarzają. [...] Teoretycy ID muszą więc rozważać możliwych projektantów nieludzkich, nawet nadnaturalnych. [...] Nie znamy wówczas prawdopodobieństwa nawet w przybliżeniu.”

(własny) „Nie istnieje taka własność, która nie mogłaby wystąpić, gdyby obiekty naturalne powstały wyłącznie dzięki bezmyślnym procesom. Powstanie nieredukowalnie złożonych cech funkcjonalnych w procesie doboru naturalnego nie jest niemożliwe. [...] Niewiedza nie stanowi jednak powodu, by odrzucić możliwość, że obserwowane zjawisko jest skutkiem bezmyślnych procesów naturalnych, których jeszcze nie rozważyliśmy, i by wnioskować, że musi ono pochodzić z inteligentnego projektu.”

(własny) „Będę jednak argumentował, że chociaż rozum może dojść do dość dobrze uzasadnionego wniosku o istnieniu Boga, może to być jedynie wniosek prawdopodobny, a nie niepowątpiewalny. Z tego powodu w praktykowaniu religii pozostaje wiele miejsca dla wiary.”

(własny) „Przyjmuję, że zdanie «Bóg istnieje» [...] jest logicznie równoważne zdaniu: «istnieje z konieczności osoba bez ciała (to znaczy duch), która z konieczności jest wieczna, doskonale wolna, wszechmocna, wszechwiedząca, doskonale dobra i jest stwórcą wszystkich rzeczy».”

(własny) „Niefortunną cechą współczesnej filozofii religii jest skłonność do traktowania argumentów za istnieniem Boga w izolacji. [...] Tymczasem argumenty mogą się wzajemnie wspierać albo osłabiać. [...] Kluczowe pytanie brzmi, czy wszystkie razem czynią istnienie Boga prawdopodobnym i czy bilans całego istotnego materiału świadczy na rzecz teizmu.”

(własny) „W centralnym przypadku wyjaśnienia osobowego tłumaczymy zjawisko E jako zamierzenie spowodowane przez racjonalnego sprawcę P. [...] Wyjaśnienie osobowe wygląda zupełnie inaczej niż wyjaśnienie naukowe. W wyjaśnieniu naukowym tłumaczymy zdarzenie E przez wcześniejsze zdarzenia lub stany C oraz prawa przyrody L. W wyjaśnieniu osobowym tłumaczymy E jako skutek działania sprawcy P, podjętego w celu urzeczywistnienia przyszłych zamiarów.”