Omówienie źródła
Bibliografia doktoratu
Pełny widok tekstowy: wszystkie sekcje są rozwinięte i znajdują się w jednym dokumencie HTML.
Sober, Elliott. The Philosophy of Evolutionary Theory: Concepts, Inferences, and Probabilities. Cambridge: Cambridge University Press, 2024. DOI: 10.1017/9781009376037.
310 stron PDF, w tym dwie puste strony końcowe. Kopia obejmuje strony wstępne, dziewięć rozdziałów, bibliografię i indeks do drukowanej s. 288. Metryka potwierdza pierwsze wydanie z 2024 roku.
Sober bada pojęcia, argumenty i metody wnioskowania używane w biologii ewolucyjnej. Wychodzi od Darwina, a następnie rozpatruje wybrane koncepcje biologii XX i XXI wieku. Analizuje dostosowanie, dobór naturalny i jego jednostki, wspólne pochodzenie, dryf, losowość mutacji, klasyfikację organizmów oraz adaptacjonizm. Ważną rolę odgrywa rozróżnienie między probabilistycznym charakterem procesów ewolucyjnych a wykorzystaniem prawdopodobieństwa do oceny świadectw. Autor omawia między innymi prawo wiarygodności, kryterium informacyjne Akaikego, modele wspólnej przyczyny i problemy rekonstrukcji filogenezy. Końcowy rozdział dotyczy praw ewolucji, determinizmu, obiektywnego prawdopodobieństwa, przypadkowości i utraty informacji o przeszłości. Analiza ma charakter filozoficzny i normatywny: proponuje doprecyzowania pojęć, zamiast jedynie zestawiać ich historyczne użycia. Książka wiąże szczegółowe zagadnienia biologiczne z ogólnymi sporami o przyczynowość, realizm, redukcjonizm i potwierdzanie hipotez. Zawiera pytania i ćwiczenia umieszczone w przypisach.
filozofia biologii; teoria ewolucji; dobór naturalny; dostosowanie; jednostki doboru; wspólne pochodzenie; dryf genetyczny; mutacje; filogeneza; adaptacjonizm; prawdopodobieństwo; prawo wiarygodności; kryterium informacyjne Akaikego; przyczynowość
List of Figures page x
List of Tables xiii
Preface xv
Acknowledgments xviii
1 A Darwinian Introduction 1
1.1 Common Ancestry 1
1.2 Species 3
1.3 Evolution 3
1.4 Divergence and Opportunism 5
1.5 Selection – Natural, Artificial, Sexual, and Bi-leveled 6
1.6 Heredity 9
1.7 Gradualism 12
1.8 Mutation 13
1.9 Was Darwin “Illogical”? 14
2 Fitness and Natural Selection 16
2.1 Malthusian Struggle and Competition 16
2.2 Fitness 19
2.3 Fitness Refined 23
2.4 Estimating Fitnesses 27
2.5 Type and Token 30
2.6 Trait Fitnesses Are Averages 31
2.7 Fitness ≠ Advantageousness 32
2.8 Improvement in Fitness 35
2.9 The Groups Above, the Genes Below 38
3 Units of Selection 39
3.1 Darwin on Altruism and Group Selection 39
3.2 Simpson’s Paradox 42
Contents
viii Contents
3.3 The Problem of Origination 46
3.4 The Evolution of Altruism and Selfishness in Groups of Size 2 48
3.5 Fortuitous Group Benefits and the Definition of a Group 52
3.6 Reciprocal Altruism 55
3.7 Inclusive Fitness, Then and Now 58
3.8 Community Selection 60
3.9 Group Selection without Altruism 62
3.10 A Third Unit of Selection – Intragenomic Conflict 64
3.11 Species Selection and Cultural Group Selection 67
3.12 Reductionism 69
3.13 Two Conventionalisms 71
4 Common Ancestry 77
4.1 Darwin on Common Ancestry 77
4.2 What Is Ancestry? 79
4.3 The Law of Likelihood 81
4.4 When Common Ancestry Has the Higher Likelihood 88
4.5 Matches Sometimes Provide Evidence Against a Common Cause 93
4.6 Matches and Strength of Evidence 94
4.7 Hypothetico-Deductivism 98
4.8 Mismatches 99
4.9 Correlations to the Rescue? 101
4.10 Concluding Comments 108
5 Drift 110
5.1 The Extinction of Family Names 111
5.2 Strict Neutrality 114
5.3 The Molecular Clock 117
5.4 Null Hypotheses 119
5.5 Alternatives to the Strictly Neutral Theory 125
5.6 When Drift and Selection Both Affect a Trait’s Evolution 127
5.7 Drift as Cause and Process 131
5.8 Selection, Drift, and Domination 134
6 Mutation 141
6.1 Darwin and Asa Gray 141
6.2 Two Experiments 144
6.3 The Evolution of Mutation Rates 149
6.4 Darwin’s Gradualism 152
6.5 Fisher’s Geometric Argument 155
Contents ix
6.6 From One Mutation to a Sequence of Mutations 161
6.7 Genome-Wide Association Studies 164
6.8 Concluding Comments 164
7 Taxa and Genealogy 167
7.1 Darwin’s Hope 167
7.2 Ranks and Hierarchy 168
7.3 Three Systematic Philosophies 169
7.4 Taxa Are Tokens, Not Types 175
7.5 Essentialism 176
7.6 The Taxonomic Status of Ancestors 179
7.7 Species 180
7.8 Race 182
7.9 Inferring Phylogenies 190
7.10 Inferring the Character States of Ancestors 196
7.11 Why Use Likelihood to Evaluate Cladistic Parsimony? 200
7.12 Statistical Consistency 202
8 Adaptationism 206
8.1 Darwin’s Formulation 206
8.2 What Is Adaptationism? 210
8.3 How Genetics Can Get in the Way 213
8.4 Ancestral Influence (aka “Phylogenetic Inertia”) 217
8.5 Optimality Models 221
8.6 The Chronological-Order Test of Adaptation Hypotheses 225
8.7 Testability and Research Programs 227
9 Big-Picture Questions 230
9.1 Are There Laws of Evolution? 230
9.2 Determinism, Indeterminism, and Objective Probabilities 235
9.3 Must Micro-indeterminism Percolate Up? 239
9.4 Objective Interpretations of Probability 240
9.5 Contingency, Inevitability, and Sensitivity to Initial Conditions 244
9.6 Evolution and Information Loss 249
References 258
Index 281
E. Sober, The Philosophy of Evolutionary Theory, rozdz. 1, §1.1, s. 1 (PDF: 21).
Uniwersalne wspólne pochodzenie: wszystkie organizmy żyjące obecnie na Ziemi pochodzą od jednego wspólnego przodka. Teza ta nie oznacza, że życie wyłoniło się z materii nieożywionej tylko raz. Uniwersalne wspólne pochodzenie jest zgodne z wieloma początkami życia.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 4 – pochodzenie życia; rozdział pierwszy, punkt 5 – krytyka inteligentny projekt. Funkcja argumentacyjna: Rozdziela dwie często mieszane tezy: genealogię organizmów i abiogenezę.
W podrozdziale o pochodzeniu życia wyraźnie odróżnij dane za wspólnym pochodzeniem od danych dotyczących pierwszego przejścia od nie-życia do życia.
Zgodność logiczna z „wieloma początkami” nie oznacza, że Sober twierdzi, iż wiele takich początków rzeczywiście zaszło.
wspólne pochodzenie; abiogeneza; genealogia; rozróżnienie tez
W rzeczywistości obserwowane cechy skamieniałości same przez się nie pociągają wniosku, że ewolucja zaszła. Jednak uniwersalne wspólne pochodzenie wraz z faktem, że współczesne organizmy różnią się cechami dziedzicznymi, wystarcza, by ewolucja zaszła. Skamieniałości są dodatkiem do zasadniczego argumentu.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 3; rozdział pierwszy, punkt 5. Funkcja argumentacyjna: Pokazuje, że relacja między danymi a teorią może być koniunkcyjna i pośrednia.
W analizie inteligentny projekt rozróżnij dane konieczne, wystarczające i tylko wspierające. Unikaj formuł „ten jeden fakt dowodzi projektu”, jeśli wniosek zależy od całego pakietu założeń.
Sober nie umniejsza znaczenia zapisu kopalnego; opisuje jego rolę logiczną w szerszym uzasadnieniu.
skamieniałości; wynikanie; pakiet danych; uzasadnienie
E. Sober, The Philosophy of Evolutionary Theory, rozdz. 1, §1.4, s. 6 (PDF: 26).
Nie istnieje jeden jedyny fenotyp, który „ma tendencję” do ewoluowania pod działaniem doboru naturalnego. […] Dobór naturalny jest oportunistyczny. To, które cechy są bardziej dostosowane, niemal zawsze zależy od przygodnych właściwości środowiska. Oportunizm ewolucji kontrastuje z ideą ewolucji zaprogramowanej.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 4; rozdział pierwszy, punkt 5; R3.5; R3.8. Funkcja argumentacyjna: Wyznacza granicę między lokalną kierunkowością selekcji a globalnym programem lub celem procesu.
Może służyć jako poważny kontrargument wobec prostego utożsamienia adaptacyjnej kierunkowości z teleologią. W rozdziale 3 pozwoli odróżnić dane biologiczne od szerszej interpretacji metafizycznej.
Brak biologicznego programu nie jest logicznie równoważny brakowi Opatrzności lub celu na poziomie teologicznym.
oportunizm; teleologia; środowisko; program ewolucji
Selekcja sztuczna obejmuje świadomy wybór; dobór naturalny natomiast może być bezmyślny. […] Pogoda nie jest świadomym sprawcą.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 1; rozdział pierwszy, punkt 5; R3.1. Funkcja argumentacyjna: Precyzuje, co znaczy, że mechanizm nie wymaga świadomej decyzji na każdym etapie.
W części o osobowym Projektancie rozróżnij bezpośrednią agencję w mechanizmie od ewentualnej przyczyny ostatecznej. Teologia stworzenia może przyjmować działanie przez przyczyny wtórne bez personifikowania pogody czy selekcji.
„Może być bezmyślny” nie dowodzi ani nie obala istnienia transcendentnego Projektanta; opisuje poziom biologicznego mechanizmu.
sprawczość; dobór naturalny; przyczyny wtórne; osobowość
Mutacje są losowe: mają swoje przyczyny, lecz nie zachodzą dlatego, że byłyby użyteczne dla organizmów, w których występują.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 4; rozdział pierwszy, punkt 5; R3.4. Funkcja argumentacyjna: Nowoczesna, zwięzła definicja losowości mutacyjnej.
Nadaje się do przypisu definicyjnego w rozdziale o informacji biologicznej i przypadkowości. Pozwala uniknąć ekwiwokacji między „losowe względem dostosowania” a „ontologicznie nieukierunkowane”.
Teza o braku powstawania ze względu na przyszłą użyteczność jest testowalna biologicznie; teza o ostatecznym braku celu ma inny status filozoficzny.
mutacja; losowość; korzyść; definicja
E. Sober, The Philosophy of Evolutionary Theory, rozdz. 4, §4.3, s. 81 (PDF: 101).
Obserwacja O faworyzuje hipotezę H1 względem H2 wtedy i tylko wtedy, gdy Pr(O | H1) > Pr(O | H2). […] Stopień, w jakim O faworyzuje H1 względem H2, wyraża iloraz wiarygodności Pr(O | H1) / Pr(O | H2).
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 3; rozdział pierwszy, punkt 5; R2.2. Funkcja argumentacyjna: Formalny szkielet do oceny argumentów z projektu jako wnioskowań porównawczych.
Dla każdego rodzaju danych zapytaj: czy byłyby bardziej prawdopodobne przy H-inteligentny projekt niż przy określonej H-naturalistycznej? Samo wysokie Pr(D | inteligentny projekt) nie wystarcza bez porównania Pr(D | alternatywa).
Do zastosowania potrzebne są dobrze określone hipotezy i uzasadnione przypisania prawdopodobieństw; ogólne „projektant mógłby chcieć czegokolwiek” osłabia test.
likelihood; prawdopodobieństwo; test porównawczy; ID
Obserwacje nie gwarantują, że H1 jest prawdziwa, a H2 fałszywa. Nie gwarantują nawet, że H1 jest bardziej prawdopodobna niż H2.
w rozprawie: R1.3; R1.5; R3.8. Funkcja argumentacyjna: Rozdziela siłę dowodową danych od końcowej oceny prawdopodobieństwa hipotezy.
W rozprawie używaj sformułowania „dane faworyzują H1 względem H2” zamiast „dane dowodzą H1”, o ile nie zostały omówione priory i cały zestaw alternatyw.
Cytat nie prowadzi do sceptycyzmu; nakazuje jedynie precyzyjnie określić, co zostało wykazane.
dowód; wiarygodność; Bayes; pokora epistemiczna
E. Sober, The Philosophy of Evolutionary Theory, rozdz. 4, §4.3, s. 82 (PDF: 102).
Obserwacje nie gwarantują, że H1 jest prawdziwa, a H2 fałszywa. Nie gwarantują nawet, że H1 jest bardziej prawdopodobna niż H2.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 3; rozdział pierwszy, punkt 5; R3.8. Funkcja argumentacyjna: Rozdziela siłę dowodową danych od końcowej oceny prawdopodobieństwa hipotezy.
W rozprawie używaj sformułowania „dane faworyzują H1 względem H2” zamiast „dane dowodzą H1”, o ile nie zostały omówione priory i cały zestaw alternatyw.
Cytat nie prowadzi do sceptycyzmu; nakazuje jedynie precyzyjnie określić, co zostało wykazane.
dowód; wiarygodność; Bayes; pokora epistemiczna
Gdy dwa obiekty mają cechę T, zgodność ta faworyzuje hipotezę wspólnej przyczyny względem hipotezy jej braku. […] Istnieją jednak przykłady, w których zgodność dwóch obiektów nie stanowi świadectwa istnienia wspólnej przyczyny.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 3; rozdział pierwszy, punkt 5. Funkcja argumentacyjna: Daje warunkową, a nie automatyczną zasadę wnioskowania od wzorca do wspólnego źródła.
Można odnieść do analogii między artefaktami a układami biologicznymi: podobieństwo jest dowodowe tylko przy spełnieniu określonych założeń o procesach generujących dane.
Nie należy przenosić bezpośrednio wyników z filogenetyki na projekt bez jawnego uzasadnienia analogii i modelu prawdopodobieństwa.
wspólna przyczyna; podobieństwo; analogiczność; założenia
E. Sober, The Philosophy of Evolutionary Theory, rozdz. 6, §6.1, s. 144 (PDF: 164).
Chociaż historycznie łączono rozróżnienie losowe/nielosowe z rozróżnieniem bezmyślne/świadome, należy je rozplątać. […] Możemy i powinniśmy badać istnienie nielosowych mutacji, nie zakładając, że muszą być kierowane przez inteligentnego projektanta.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 4; rozdział pierwszy, punkt 5; R2.3; R3.1; R3.4. Funkcja argumentacyjna: Kluczowe rozróżnienie między statystyczną kierunkowością procesu a intencjonalną sprawczością.
Użyj do oczyszczenia argumentu z projektu z błędu: wykazanie nieprzypadkowości nie wystarcza do wykazania umysłu. Potrzebna jest dodatkowa przesłanka lub model, który odróżnia inteligencję od bezosobowych mechanizmów nielosowych.
Sober nie wyklucza logicznie projektanta; odrzuca automatyczne przejście od nielosowości do projektu.
nielosowość; inteligencja; mutacje; naturalizm metodologiczny
E. Sober, The Philosophy of Evolutionary Theory, rozdz. 5, §5.4-5.5, s. 124-125 (PDF: 144-145).
Testowanie hipotez jest działaniem kontrastywnym. Zamiast testować teorię T samą w sobie, należy testować ją przeciw jednej lub większej liczbie konkurentek. […] Żaden model nie jest niewinny, dopóki nie udowodni mu się winy.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 3; rozdział pierwszy, punkt 5; R2.3. Funkcja argumentacyjna: Jedna z najważniejszych fiszek metodologicznych dla całej rozprawy.
Zbuduj dla każdego argumentu tabelę konkurentów: projekt, dobór, dryf, ograniczenia rozwojowe, konieczność fizykochemiczna, przypadek, hipotezy mieszane. Porównuj ich dopasowanie i złożoność, zamiast przydzielać jednej stronie domyślny ciężar dowodu.
Kontrastywność nie oznacza, że wszystkie hipotezy są równie dobre; dopiero dane i kryteria modelowe ustalają ranking.
testowanie hipotez; kontrast; model; ciężar dowodu
To, co dobór naturalny może osiągnąć, jest zawsze ograniczone przez dostępną zmienność.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 4; rozdział pierwszy, punkt 5. Funkcja argumentacyjna: Zwięzłe sformułowanie realnego ograniczenia mocy doboru.
Może wprowadzić analizę źródeł nowości biologicznej: dobór nie „wytwarza” dowolnego wariantu na żądanie, lecz różnicuje przeżycie i reprodukcję wariantów dostępnych.
Ogólne ograniczenie nie dowodzi, że w konkretnym przypadku zmienności było za mało; potrzebna jest analiza populacyjna, genetyczna i czasowa.
zmienność; ograniczenia doboru; nowość biologiczna; mechanizm
E. Sober, The Philosophy of Evolutionary Theory, rozdz. 8, §8.6, s. 226 (PDF: 246; wprowadzenie testu na s. 225 / PDF 245).
Linia prowadząca do współczesnych ssaków miała szwy czaszkowe na długo przed ewolucją żyworodności. Oznacza to, że fałszywe jest twierdzenie, iż szwy czaszkowe są adaptacjami do porodu.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 3; rozdział pierwszy, punkt 5. Funkcja argumentacyjna: Konkretny test historyczny dla twierdzeń o funkcji i genezie cechy.
W odniesieniu do argumentów z „dopasowania części do funkcji” pytaj, czy cecha istniała przed funkcją, którą ma rzekomo wyjaśniać. Jeśli tak, obecna funkcja może być wtórnym wykorzystaniem.
Test obala określoną hipotezę adaptacyjną, nie wszystkie możliwe wyjaśnienia pochodzenia cechy.
chronologia; adaptacja; egzaptacja; funkcja
Nawet jeśli organizmy składają się z materii i niczego więcej, nie wynika z tego, że prawa biologii redukują się do praw fizyki. W rezultacie biologia ma pewien rodzaj autonomii.
w rozprawie: R2.3 – problem naturalizmu metodologicznego. Funkcja argumentacyjna: Pozwala oddzielić materialny skład organizmów od redukcjonizmu praw i wyjaśnień.
Może wesprzeć tezę, że naturalizm metodologiczny nie musi oznaczać fizykalizmu redukcyjnego. Autonomia poziomu biologicznego pozostawia miejsce dla swoistych praw i kategorii, choć nadal są one naukowe.
Autonomia biologii nie jest argumentem za przyczyną nadnaturalną ani za dualizmem substancji.
redukcjonizm; autonomia biologii; fizykalizm; naturalizm metodologiczny
E. Sober, The Philosophy of Evolutionary Theory, rozdz. 9, §9.6, s. 249 (PDF: 269).
Zgodnie z prawem wiarygodności obecny stan systemu może silnie faworyzować jedną hipotezę o niedawnej przeszłości względem drugiej, lecz siła tego faworyzowania słabnie, gdy przeszłość staje się coraz bardziej odległa.
w rozprawie: rozdział pierwszy, punkt 3; rozdział pierwszy, punkt 5; R3.8. Funkcja argumentacyjna: Epistemologiczna granica rekonstrukcji historycznej i teologicznej na podstawie danych obecnych.
Użyj w zakończeniu krytycznej części: argumenty o bardzo odległych przyczynach wymagają szczególnej ostrożności, wielu niezależnych linii danych i jawnego określenia niepewności.
Słabnięcie informacji nie oznacza całkowitej niepoznawalności przeszłości; zależy od modelu procesu i zachowanych śladów.
przeszłość; informacja; wnioskowanie historyczne; granice poznania