Pracownia poszukiwań

Xu; Zhang, 2016- Are Human Translated Pseudogenes Functional?

Pełny widok tekstowy: wszystkie sekcje są rozwinięte i znajdują się w jednym dokumencie HTML.

Autor / redaktor
Jinrui Xu; Jianzhi Zhang
Tytuł
Are Human Translated Pseudogenes Functional?
Rok
2016
Identyfikator
xu-zhang-are-human-translated-pseudogenes-functional
Źródło / uwaga
pozycje szczegółowe

Opis bibliograficzny

Xu, Jinrui; Zhang, Jianzhi, „Are Human Translated Pseudogenes Functional?”, Molecular Biology and Evolution 33, nr 3 (marzec 2016), s. 755–760; publikacja internetowa: 20 listopada 2015. DOI: 10.1093/molbev/msv268.

Zakres dostępnej kopii

Artykuł w formacie „Letter”, 6 stron PDF, s. 755–760 czasopisma; język angielski. Obecne są abstrakt, wyniki z rycinami i tabelą, opis metod oraz bibliografia. Plik podaje datę publikacji internetowej w 2015 r.; rok zeszytu 2016 zweryfikowano w metryce wydawcy. Brak osobnego spisu treści. Dane zewnętrzne wskazane w metodach nie są dodatkowym załącznikiem tej kopii.

Streszczenie treści

Autorzy badają, czy wykrycie białka pochodzącego z sekwencji oznaczonej jako pseudogen świadczy o jej biologicznej funkcji. Punktem wyjścia jest wcześniejsze doniesienie o produktach translacji 107 ludzkich pseudogenów. Po zastosowaniu kryteriów jakościowych porównują 34 przypadki z odpowiednikami u makaka oraz z grupami pseudogenów transkrybowanych i nietranskrybowanych. Wykorzystują stosunek zmian niesynonimicznych do synonimicznych jako wskaźnik działania doboru oczyszczającego. Dla pięciu analizowanych przypadków uzyskują wyniki przemawiające za zachowaniem funkcji na poziomie białka i proponują zmianę ich adnotacji na geny. Zarazem podkreślają, że sama obecność transkryptu lub peptydu nie dowodzi funkcjonalności wszystkich pseudogenów. Praca pozwala uporządkować pojęcia funkcji, aktywności biochemicznej i kryteriów anotacji genomu. Przydaje się w dyskusjach o niekodującym DNA, ewolucji nowych genów i argumentacji dotyczącej informacji biologicznej, zwłaszcza gdy potrzebne jest odróżnienie pojedynczych funkcjonalnych przypadków od twierdzeń o całym genomie.

Hasła tematyczne

pseudogeny; funkcja biologiczna; translacja; transkrypcja; dobór oczyszczający; genom człowieka; genomika porównawcza; anotacja genów; ewolucja genów; niekodujące DNA; informacja biologiczna; metodologia biologii

Omówienie źródła

Autor / redaktor: Xu; Zhang
Tytuł: Are Human Translated Pseudogenes Functional?
Identyfikator: xu-zhang-are-human-translated-pseudogenes-functional
Źródło w pierwotnych plikach: pozycje szczegółowe

Podsumowanie artykułu

Artykuł bada pytanie, czy ludzkie pseudogeny, z których niektóre wytwarzają białka lub peptydy, pełnią rzeczywiste funkcje biologiczne. Sam fakt translacji nie rozstrzyga jeszcze, czy produkt ma znaczenie fizjologiczne.

Autorzy porównują ludzkie pseudogeny z ich ortologami u makaka i analizują stosunek mutacji nonsensownych do synonimicznych. Pokazują, że część translacjonowanych pseudogenów wykazuje oznaki doboru oczyszczającego, co sugeruje zachowanie funkcji na poziomie białka.

Jednocześnie wyniki nie pozwalają uznać wszystkich takich pseudogenów za funkcjonalne. Wniosek jest bardziej zniuansowany: niektóre z nich prawdopodobnie mają wybraną funkcję, inne mogą być tylko przypadkowo tłumaczone.

Artykuł podkreśla więc, że ani uszkodzenie otwartej ramki odczytu, ani samo wykrycie produktu białkowego nie są wystarczające, by automatycznie wykluczyć lub potwierdzić funkcjonalność genu.

Fiszki

Brak opublikowanych fiszek.